凈化手術(shù)室的原理與普通手術(shù)室凈化大致相同，可以參考普通手術(shù)室凈化的概念，但是普通手術(shù)室凈化主要關(guān)注粒子而凈化手術(shù)室主要關(guān)注的是細(xì)菌與病毒。
國際標(biāo)準(zhǔn)化組織（IS0）的14644-1標(biāo)準(zhǔn)對手術(shù)室凈化是這樣說明的：該手術(shù)室凈化的懸浮粒子濃度受控，其建造和使用方式是使進(jìn)入、產(chǎn)生、滯留于室內(nèi)的粒子較少；
室內(nèi)其他參數(shù)，比如溫度、濕度、氣壓、按需要受控。該定義的前半部分基本上說明什么是凈化，這是一個使粒子的進(jìn)入、產(chǎn)生、滯留少化的房間。要實現(xiàn)這一點，
首先，要對大量的送風(fēng)經(jīng)有效過濾器過濾。這種送風(fēng)的目的在于：（1）稀釋并清除室內(nèi)人員和設(shè)備散發(fā)出的粒子和細(xì)菌；（2）向房間加壓，確保臟空氣不會流入手術(shù)室凈化。
其次，手術(shù)室凈化的建筑材料不產(chǎn)生粒子且便于清潔。之后，手術(shù)室凈化人員使用服裝罩住身體，使他們散發(fā)的粒子和微生物少。這些措施及其他使用手術(shù)室凈化引入、產(chǎn)生、
滯留的污染降至少的類擬措施。手術(shù)室凈化還可以控制溫度、濕度、聲音、照明、振動。
凈化空氣處理：室外新風(fēng)經(jīng)過初效段、混合室內(nèi)回風(fēng)，再經(jīng)中效段、有效段過濾后送入手術(shù)室凈化，在一定的換氣次數(shù)下達(dá)到控制空氣中微粒數(shù)量的目的。空氣還可以進(jìn)行加熱、
制冷、加濕、除濕、殺菌等各種處理，獲得恒溫恒濕與無菌的狀態(tài)。根據(jù)凈化級別的高低，室內(nèi)氣流的組織方式可以為層流、混合流及亂流。